Иоганн Фридрих Гойер родился 9 мая 1767 года в Дрездене, племянник начальника Саксонского артиллерийского училища И. Ф. фон Гойера-старшего.
В 1777 году Гойер поступил на службу в артиллерийскую роту, которой командовал его отец, и в 1781 году получил первый офицерский чин.
В 1810 году он был подполковником, а в 1814 году перешёл полковником из саксонской службы в прусскую; участвовал в походе 1815 года против Наполеона.
В 1818 году Гойер был произведён в генерал-майоры и назначен инспектором пионеров и крепостей в Померании и Пруссии.
В 1823 году он оставил службу и посвятил себя исключительно учёным занятиям. C 1835 года Гойер читал лекции по военному искусству и военной истории в Галле. Он был избран членом академии военных наук в Стокгольме.
Скончался Гойер 7 марта 1848 года в Галле.
Из многочисленных военных сочинений Гойера наиболее заметны:
- Pragmatische Geschichte der S?chsischen Truppen. Leipzig, 1791
- Versuch eines Handbuchs der Pontonierwissenschaften. 3 Bde. Leipzig, 1793—1894
- Geschichte der Kriegskunst seit der ersten Anwendung des Schie?pulvers. 2 Bde. G?ttingen, 1797—1800
- Allgemeines W?rterbuch der Artillerie. 2 Bde. T?bingen, 1804—1812
- Handbuch f?r Offiziere in den angewandten Theilen der Krieges-Wissenschaften. Hanovre, 1815 (в соавторстве с Герхардом фон Шарнхорстом)
- Allgemeines W?rterbuch der Kriegsbaukunst. 3 Bde. Berlin, 1815—1817
- Lehrbuch der Kriegsbaukunst. 2 Bde. Berlin, 1817—1818
- Taschenbuch f?r Ingenieure und Artilleristen. Berlin, 1818
- Neues Magazin f?r Befestigungskunst und Artillerie. Berlin, 1820
- Befestigungskunst und Pionierdienst. Berlin, 1832
