Родился 9 июля 1903 года в селе Каменка Киевской губернии (ныне районный центр Черкасской области) в семье управляющего имением. Учился в гимназии, в Вольском кадетском корпусе, стихи писал с 14 лет.
С 1918 году Губер жил в Карачарово Тверской губернии, организовал любительский театр.
Участвовал в гражданской войне на стороне красных (1920), после демобилизации — учитель, библиотекарь, разнорабочий.
Значительную роль в приобщении Губера к литературе сыграла Валентина Витальевна Герн, жена директора санатория Карачарово, в салоне которой бывали поэты—символисты, она познакомила Губера с Евгением Замятиным, участниками группы «Серапионовы братья».
Первое стихотворение Бориса Губерна было напечатано в журнале «Красный артиллерист» (1921). В 1922 Губер начал роман «Врид», окончательно перешёл на прозу в 1924. В прозе сказывается влияние И. Бунина.
В это время Губер переехал в Москву и примкнул к литературной группе «Перевал», был близким другом А. К. Воронского. Автор книг «Шарашкина контора» (1924), «Джаир» (1926), «Соседи» (1926), «Известная Шурка Шапкина» (1926), «Неспящие» (1931), «Бабье лето» (1934), «Апрель» (1936) и других.
В 1937 году расстрелян как «враг народа», захоронен в общей могиле на Донском кладбище. Реабилитирован в 1955. Год смерти стал известен только в 1991 году.
Сочинения
- Соседи, 1926
- Простая причина, 1928
- (совм. с Г. Глинкой) Эшелон опаздывает, 1931
- Неспящие, 1931 (сборник очерков о кубанском колхозе)
- Бабье лето, 1935
- Дружба, 1936
