Образование и профессиональная деятельность
Окончил философский факультет МГУ имени М. В. Ломоносова по специальности «научный атеизм». В 1980 году в Институте научного атеизма при Академии общественных наук ЦК КПСС защитил кандидатскую диссертацию на тему «Социально-гносеологический анализ религиозной веры». В 1976—1991 годах был научным сотрудником Института научного атеизма. В 1993 году был назначен руководителем группы экспертов Российского политехнического института Парламентского центра Верховного Совета России. В 2002 году защитил в Российской академии государственной службы при Президенте РФ докторскую диссертацию на тему «Эволюция идеологии и деятельности религиозной организации Свидетелей Иеговы в России (социально-философский анализ)».
Член Международной ассоциации религиозной свободы («МАРС»), заместитель начальника отдела социальной политики Аналитического управления Совета Федерации и советник отдела социальной политики Информационно-аналитического управления Аппарата Совета Федерации Федерального собрания Российской Федерации, государственный советник РФ 3 класса.
Выпустил ряд книг и статей о пропаганде атеизма, православном христианстве, гаудия-вайшнавизме и Международном обществе сознания Кришны, свидетелях Иеговы, Саентологии, по проблемам взаимоотношений государства и религиозных объединений. В 1996 году выступил руководителем авторского коллектива справочника «Религиозные объединения Российской Федерации».
Общественная деятельность, мнения
По мнению С. И. Иваненко понятия «секты» и «традиционные/нетрадиционные» религии являются неправовыми и широко применяются с целью вытеснения части религиозных организаций из сферы активной социальной работы.
На конференции «Толерантность в сфере религии и СМИ», которая прошла 15-16 декабря 2004 года в Москве, Сергей Иваненко высказал мнение, что толерантность в СМИ зависит от их отношения к социальному партнёрству государства и религиозных объединений. Соответственно, возбуждение тематики «сект» и «традиционных-нетрадиционных» религий означает сокращение сферы такого партнёрства.
В 2005 году, на конференции «Проблемы изучения и истолкования „Бхагавад-гиты“», Сергей Иваненко высказался в отношении такой злободневной проблемы как отношение к религиоведению «официальных» религий. Согласно С. И. Иваненко, «многие их лидеры считают религиоведение ядом». По их мнению, эта отрасль науки нуждается в «воцерковлении». Однако такая точка зрения ошибочна, поскольку не допускает гармоничного сочетания разных подходов к теме.
Выступал в качестве эксперта-религиоведа в ряде судебных процессов по делам, связанным с ликвидацией и запретом московской организаций свидетелей Иеговы. 12 марта 1999 года определением Головинского суда был включён экспертом в состав комиссии по проведению комплексной экспертизы по делу о ликвидации и запрете деятельности религиозной общины «Свидетели Иеговы», но подписывать заключение экспертной комиссии отказался, составив отдельно своё собственное.
В 1993 году написал предисловие к «нравственному учебнику» для средних общеобразовательных школ «Мой мир и я», разработанному и изданному подразделением Церкви объединения Муна «Международным фондом образования». Учебник использовался для преподавания в более чем двух тысячах российских школ. В адрес учебника (как к сфере деятельности Церкви Объединения) прозвучало немало критики. Позднее учебник был запрещён Комитетом по образованию г. Москвы и Комитетом по образованию Санкт-Петербурга, как нарушающий конституционный принцип светскости образования, установленный в российском законодательстве.
В своих работах о Международном обществе сознания Кришны (ИСККОН) — «Вайшнавская традиция в России: история и современное состояние. Учение и практика. Социальное служение, благотворительность, культурно-просветительская деятельность» и «Кришнаиты в России: Правда и вымысел» отстаивает позицию традиционности данной организации. По мнению Иваненко, одной из причин непростых взаимоотношений Русской православной церкви и Международного общества сознания Кришны являются труды иеромонаха Серафима (Роуза), который, в своё время, очень критично отозвался о кришнаизме-индуизме, найдя в этом осуждении благодарных последователей.