В 1692 Кейзер написал музыку к пасторали «Исмена», в 1694 поставил в Гамбурге оперу «Bassilius». В течение 40 лет Кейзер написал для гамбургской сцены около 116 опер. В 1729—1730 был в России и получил поручение ехать в Италию для подбора в Россию певцов и инструменталистов, но затем отказался от этой миссии. В 1734 была написана Кейзером последняя его опера «Цирцея». Написал также много духовных сочинений, ораторий, мадригалов и др.
В 2000 оркестр «Берлинская Академия старинной музыки» под управлением Рене Якобса исполнил и записал оперу Кейзера «Крёз» (1710) с солистами Вернером Гюрой, Романом Трекелем, Доротеей Рёшманн и др.
