Детство и образование
Родился 22 ноября 1958(19581122), деревня Афонино Переславского района Ярославской области.
В 1965 году семья Аксёновых переселилась в Переславль-Залесский, где в 1974 году он окончил среднюю общеобразовательную школу. По окончании школы поступил в Переславский техникум химической промышленности на кафедру автомобилей и автомобильного хозяйства, окончив его в 1978 году.
Работал водителем в Переславском химическом заводе и в переславской «Сельхозхимии». Занимался спортом, ездил на соревнования.
Начало церковного служения и духовное образование
Ещё в юности принимал участие в реставрации храмов в Калининской области. Уже в этот период стал задумываться о вере. Был в паломничестве в селе Ракитное Белгородской области, где познакомился с отцом Серафимом (Тяпочкиным); впоследствии так описывал этот период жизни:
Этот удивительный, великий человек произвел на меня неизгладимое впечатление. Я увидел, как он общался с людьми и как он относился к нам. Он изменил всю мою жизнь. И уже через год я стал студентом Московской духовной школы, традиции которой теперь пытаюсь продолжать в нашем Ярославском духовном училище.
В 1981 году В. А. Аксёнов поступил в Московскую духовную семинарию, в 1985 году — в Московскую духовную академию, которую окончил в 1989 году со степенью кандидата богословия.
16 июня 1987 года пострижен в монашество с именем Анатолия в честь преподобного Анатолия Киево-Печерского.
Церковная деятельность
28 июня 1987 года был рукоположен в иеродиакона, 18 июля 1987 года — во иеромонаха.
С августа 1989 года преподавал в Московской духовной академии и семинарии, был профессорским стипендиатом 1989—1990 учебного года.
10 апреля 1990 года возведен в сан игумена.
С сентября 1990 по апрель 1994 года исполнял послушание старшего помощника инспектора академии.
С ноября 1990 года — заместитель ректора по административно хозяйственной работе.
22 января 1994 года указом Преосвященного Михея, епископа Ярославского и Ростовского, назначен наместником Переславского Никитского и Троице-Данилова монастырей и устроителем Никольского женского монастыря.
В апреле 1994 года освобожден от занимаемой должности заместителя Ректора академии по административно-хозяйственной работе.
18 июля 1994 года постановлением Священного Синода утверждён наместником Никитского монастыря, временно исполнял обязанности и наместника Троице-Даниловского монастыря.
7 апреля 1995 года возведён в сан архимандрита.
Постановлением Патриарха и Священного Синода от 26 декабря 1997 года архимандриту Анатолию, наместнику Переславль-Залесского Никитского мужского монастыря, определено быть епископом Переславль-Залесским, викарием Ярославской епархии.
14 февраля 1998 года за всенощным бдением под праздник Сретения Господня в Богоявленском кафедральном соборе в Москве было совершено наречение архимандрита Анатолия во епископа Переславль-Залесского. Чин наречения совершили Святейший Патриарх Московский и всея Руси Алексий, митрополит Крутицкий и Коломенский Ювеналий (Поярков), архиепископы Солнечногорский Сергий (Фомин), Истринский Арсений (Епифанов), Ярославский и Ростовский Михей (Хархаров), епископы Бронницкий Тихон (Емельянов), Зарайский Павел (Пономарёв), Верейский Евгений (Решетников), Орехово-Зуевский Алексий (Фролов), Дубоссарский Юстиниан (Овчинников), Хабаровский и Приамурский Марк (Тужиков), Красногорский Савва (Волков).