Родился в Курляндии, изучал медицину в Дерпте, где был учеником знаменитого Фридриха Биддера. В 1854 стал доктором медицины. С 1856 по 1866 — прозектор и экстраординарный профессор в родном университете. С 1866 по 1876 ординарный профессор в Киле, в 1876—1880 в Кёнигсберге, а с 1880 — в Мюнхене. Купфер написал много работ по описательной и сравнительной анатомии. Особенно известны его исследования, проведённые совместно с Биддером, о строении спинного мозга и др.
В честь Купфера названы клетки Купфера — специализированные макрофаги печени, основной функцией которых является захват и переработка старых нефункциональных клеток крови.
Получил звания рыцаря Karl Wilhelm Ritter von Kupffer (1889)
Работы
- De medulla spinalis textura in ranis ratione imprimis habita indolis substantiae cinereae, medic?nas doktora disert?cija T?rbatas universit?t? (1854)
- Untersuchungen ?ber die Textur des R?ckenmarks und die Entwicklung seiner Formelemente, Leipciga (1857)
- De embryogenesi apud chironomos observationes, Diss. pro venia legendi, ??les universit?te (1866)
- Beobachtungen ?ber die Entwicklung der Knochenfische, Arch Mikroskop Anat 4 (1868) 209—272
- Das Verh?ltnis der Dr?sennerven zu Dr?senzellen, Arch Mikroskop Anat 9 (1873) 387—395
- ?ber Differenzierung des Protoplasmas an den Zellen tierischer Gewebe, Schr. d. naturwiss. Ver. f. Schleswig-Holstein (1875) 229—242
- ?ber Sternzellen der Leber, Arch Mikroskop Anat 12 (1876) 353—358
- Immanuel Kants Sch?del (kop? ar F. Bessel-Hagen), K?nigsberga (1880)
- ?ber den Nachweis der Gallenkapillaren und spezifischen Fasern in den Leberl?ppchen durch F?rbung, Sitzungsber. d. Ges. f. Morphol. u. Physiol. 5 (1889) 82-86
- ?ber Sternzellen der Leber, Anat Anz 14 (1898) (Erg?nzungsh.) 80-86
- ?ber die sog. Sternzellen der S?ugetierleber, Arch Mikroskop Anat Entwicklungsgeschichte 54 (1899) 254—288
