Происходит из известного киргизского аристократического рода на Алае. Отец — крупный торговец, переселился в Синьцзян. В возрасте 25 лет Ысакбек собрал отряд из киргизов Кызыл-Суу, воевал с басмачами, проникавшими через советско-китайскую границу. За эти заслуги правительство Гоминьдана присвоило ему звание генерал-майора.
Позднее у него начались трения с гоминьдановскими властями. Монуев бежал в Алма-Ату, где сформировал воинскую часть, вернулся в Синьцзян и разгромил войска Гоминьдана. В 1944 г. была создана непризнанная Восточно-Туркестанская Республика во главе с Ахметжан Касими, Монуев возглавил её вооружённые силы.
В 1949 г. правительство Восточного Туркестана вылетело на переговоры в СССР, однако самолёт разбился невдалеке от Алма-Аты (согласно воспоминаниям П. Судоплатова, катастрофа была организована советскими спецслужбами, поскольку Сталин договорился с Мао Цзэдуном о восстановлении территориальной целостности Китая, и поэтому создание независимого Восточного Туркестана не входило в интересы обоих).
