Родился в Аудеватере (Утрехт). По завершении обучения в Лейденском и Женевском университетах в 1588 стал пастором в Голландской реформатской церкви в Амстердаме, а в 1603 — профессором теологии Лейденского университета. В 1590 году Арминий женится на Елизавете Рэел, дочери одного из самых влиятельных людей Голландии. Умер в Лейдене.
Арминием был создан ряд работ, в которых он полемизировал с учением кальвинистов по вопросу спасения души. Наиболее остро свои расхождения с кальвинистами по данному вопросу были сформулированы в трактате 1608 г. «Объявление мнений». Здесь Арминий уточнил тезис об избирательности Бога при назначении людей к спасению: спасутся те верующие, которые приняли данное от Бога посредничество Иисуса Христа и в глазах Бога искренне покаялись. Из этого следовало, что человек способен своей свободной волей обратиться к спасению.
Несмотря на расхождения во взглядах с кальвинистами, Я. Арминий до конца жизни оставался в реформатской церкви.
Взгляды Арминия нашли понимание среди части голландского общества, вследствие чего вокруг него сформировалась группа сторонников, именовавшихся арминианами. Уже после смерти своего основателя, в 1610 году арминиане подали церковным властям представление (remonstrantia), которое стало основным изложением учения арминиан (ремонстрантов).
Ремонстранты подвергли критике пять пунктов кальвинистского учения:
- о двойном предопределении — к спасению или погибели — в результате свободного акта божественной воли;
- о том, что избранный непременно спасётся, а осужденный — погибнет;
- о том, что Христос умер только ради избранных ко спасению;
- о том, что Бог дает благодать только избранным ко спасению;
- о том, что получившие спасающую благодать никогда её не утрачивают.
После осуждения данного учения на состоявшемся в 1618—1619 годах реформатском синоде в Дордрехте, арминиане были отстранены от церковных должностей и подверглись репрессиям. В Нидерландах и ряде других европейских государств, данная конфессия сохранилась до настоящего времени и насчитывает несколько тысяч человек. Существенно повлияли арминианские доктрины и на формирование богословия общих баптистов.
Учение Арминия оказало значительное влияние на развитие протестантской богословской и философской мысли, включая таких её представителей, как Джон Уэсли и Гуго Гроций.
