Родился в семье инженера. Окончил электротехническую профессиональную школу (1928). С 1929 печатался в газетах, долгое время работал художником-графиком. В 1938 опубликовал свои первые сказки, написанные по мотивам собранного местного фольклора. Автор сборников сказок "Мальчик Чокчо" (1945), "Амурские сказки" (1946), "Храбрый Азмун" (1949) и др., романа "Созвездие Стрельца" (опубликовано посмертно, 1962). Член КПСС с 1947 года.
Наиболее известен его исторический роман «Сердце Бонивура» (1944—1953 гг.) о героях Гражданской войны на Дальнем Востоке, основанный на судьбе Виталия Баневура. По роману был снят одноимённый фильм.
Сочинения Нагишкина переведены на многие языки. Умер 11 марта 1961 года в Риге
