Родился в Симбирске в богатой семье. После смерти отца мать увезла Юсуфа в Турцию (врачи посоветовали переменить климат). Окончил школу в Стамбуле. В 1895 поступил в военное училище Harbiye mektebi. После его окончания поступил на курсы подготовки офицеров генерального штаба. Однако курсов не окончил, так как за заговор против султана Абдулхамида II был приговорён к смертной казни, которая была заменена ему пожизненной ссылкой в пустынные районы Триполитании. Работал в ссылке писарем и учителем. В 1899 году бежал из ссылки во французский Тунис а оттуда переехал в Париж. Там впервые выступил как сторонник турецкого национализма.
В 1903 году вернулся в Россию, жил в Казани. Преподавал историю в казанском медресе «Мухаммадия», был редактором газеты «Казан мухбире» («Казанский вестник»), стал одним из организаторов и руководителей либерально-демократической партии «Иттифак аль-Муслимин». В 1904 на турецком языке написал свой самый известный труд «Три вида политики» (тур. ?? Tarz? Siyaset), напечатанный в египетском журнале «Тюрк». Работа призывала турок оставить мультиэтническую Османскую империю и обратиться к турецкому национализму и пантюркизму. Поначалу его идеи считались экстремистскими, но постепенно приобретали всё большую популярность.
После младотурецкой революции в 1908 году вернулся в Турцию. Издавал журнал T?rk yurdu (Турецкий дом), преподавал в Стамбульском университете политическую историю. Статьи Акчуры появлялись в России, в татарских изданиях — в журнале «Шура» («Совет») и газете «Вакыт» («Время»).
В 20-е годы помогал становлению турецкой республики: избирался депутатом меджлиса, являлся советником Мустафы Кемаля по вопросам культуры и политики, был сторонником его политики по построению светской Турции. Профессор Стамбульского университета. В 1931 под руководством Акчуры было создано Турецкое историческое общество, и в 1932 он руководил работой первого Турецкого исторического конгресса.
Юсуф Акчура похоронен на кладбище Эдирнекапы (Стамбул, Турция).
