Официально Хуана — дочь короля Энрике IV Кастильского и его второй жены Жуаны Португальской, дочери короля Португалии Эдуарда I. Своё уничижительное прозвище «Бельтранеха» Хуана получила из-за слухов о своём незаконном происхождении от кастильского дворянина Бельтрана де ла Куэва, фаворита королевы Жуаны. Других детей у короля Энрике (прозванного El Impotente) не было. Он то лишал дочь Хуану наследства, то восстанавливал её в правах, прикладывая все усилия для того, чтобы именно Хуана унаследовала кастильский престол.
В 1475 году Хуана вышла замуж за своего дядю по матери, короля Португалии Афонсу V и стала королевой Португалии. Детей в браке не было. Афонсу V пытался вернуть своей супруге кастильский престол, выступил войной против получившей корону Кастилии тётки Хуаны Бельтранехи Изабеллы и был разбит в битве при Торо её супругом, королём Фердинандом Арагонским.
Безуспешная для Португалии война за кастильское наследство длилась четыре года. В 1479 году король Афонсу V заключил мир с Католическими королями. А его брак с племянницей был аннулирован папой Сикстом IV ввиду близких родственных связей. Хуана Бельтранеха до конца своих дней считала себя обманутой своей тёткой и вплоть до своей смерти подписывала свою корреспонденцию La Reina (Королева).
Следует отличать Хуану Бельтранеху от королевы Кастилии Хуаны Безумной, супруги Филиппа Красивого.
